האם כדאי לחסן בחיסום נגד נגיף הפפילומה גם בנים והאם כדאי לעשות זאת רק בגיל צעיר או גם בגיל בוגר? בגדול ההנחה היא כי החיסון מועיל גם לבנים כי גם הם יכולים גם להפיץ HPV. כלומר למרות שהם בסיכון נמוך יותר לסיבוכים ולמחלות כגון סרטן צוואר הרחם, ההתחסנות של בנים מועילה להפחתת העומס הנגיפי באוכלוסייה הכללית. בנוסף, HPV קשור לסוגים אחרים של סרטן שאינם רק סרטן צוואר הרחם. האיום של נגיף פפילומה על גברים הוא בסוגי סרטן כגון סרטן הפין, סרטן אנאלי וסרטן אורופרינגאלי. כלומר החיסון לבנים גם מסייע בכך שהם אינם מעבירים בפעילות המינית שלהם את הנגיף הלאה והם גם נמנעים מסוגי סרטן אחרים הקשורים לנגיף אך בצורה מוגבלת יותר.

ישנם הורים רבים שחוששים לחסן את הבן שלהם ונמנעים מכך אם בשל העובדה שהוא לא פעיל מינית מדי והן מפני שהחיסון נחשב יחסית חדש ולכן אין מחקרים על השפעותיו ארוכות הטווח ויכולת להעריך בצורה מספקת את הסיכונים מול התועלות. ישנן גם שמועות על כך שאנשים נפטרו מהחיסון. אך מי שבודק היטב את הספרות הרפואית מדעית לא מסכים עם הקביעה הזו. החיסון נבחן לעומק והוכח כבטיחותי מאוד. כל ארגוני הבריאות הגדולים: ארגון הבריאות העולמי, CDC, ACOG, ABOG, האקדמיה האמריקאית לעיסוק במשפחה ואחרים ממליצים על חיסון נגד HPV.

פרט לבטיחות שלו הוא נמצא יעיל מאוד במניעת סרטן צוואר הרחם. לא ניתן להצביע על אף מקור מהימן שמצביע על קשר סיבתי בין חיסון HPV ומוות. אלא אם מדובר בתגובה אלרגית קשה לאחד המרכיבים של החיסון, במקרה כזה קיימת סבירות קלושה מאוד. אך סטטיסטית מדובר באותה הסתברות למות מאכילת בוטנים או מעקיצת דבורה. מדינות המערב ברובן אינן מחייבות את הציבור בחיסון זה בכלל ובנים בפרט ולכן זה תלוי בשיקולי ההורים לרוב ובמידת המודעות שלהם. בחלק מהמדינות יש לקחת פעולה אקטיבית כדי להתחסן ובחלקן יש לקחת פעולה אקטיבית כדי לא לחסן את הבן. ישנן לא מעט מדינות שקיימות בהן קהילות דתיות שבהן התנהגות מינית לפני החתונה אינה מקובלת וכיוצא מכך הצורך בחיסון או היעילות שלו יורדים פלאים.